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27 mars 2007, par Karine Descamps

La taxonomie : un outil indispensable à la connaissance de la biodiversité

Vous cherchez le nom d’une espèce animale ou végétale française ? Le site de l’INPN est sans doute la référence en la matière. Mais comment établit-on un tel inventaire et, plus largement, comment attribue-t-on un nom à une espèce ? Olivier Gargominy et Benoît Fontaine nous expliquent l’enjeu de cette discipline et nous font découvrir leur travail de taxonomiste au Muséum national d’Histoire naturelle.

Hygromia cinctella (Draparnaud, 1801)Ma curiosité pour un univers méconnu m’a entraînée jusque dans le bureau du département systématique et évolution du MNHN où Olivier Gargominy et Benoît Fontaine travaillent avec une passion non dissimulée sur l’identification des mollusques terrestres. Etrange choix d’exploration quand on sait l’engouement que suscitent d’ordinaire les mammifères ou les oiseaux. Qu’importe, la passion pour leur travail est telle que la fascination pour ces petits êtres vivants est vite contagieuse. Qui plus est, cette biodiversité certes moins visible, fait partie du patrimoine naturel au même titre que les lions ou les ours.

Quelle est donc la finalité de la mission de ces deux chercheurs ? Etablir l’inventaire des mollusques terrestres, et ce dans une optique de conservation. Et pourquoi ce groupe d’individus ? Ne serait-ce que parce que 89% des espèces animales françaises sont des arthropodes, et que si l’on en connaît certaines, la plupart restent à découvrir. Enfin, parce que la connaissance et la conservation de ces petites espèces sont indispensables à l’équilibre de l’ensemble des êtres vivants.

Passionnés de nature et d’animaux, ces deux ingénieurs agronomes ont pris la tangente une fois leur diplôme en poche pour rejoindre le Muséum national d’Histoire naturelle et se consacrer entre autres aux mollusques terrestres. Si Olivier est chargé de développer la base de données de l’INPN (Inventaire National du Patrimoine Naturel) [1] pour la rendre notamment disponible au grand public, Benoît, quant à lui, vient de terminer sa thèse sur l’utilité de la taxonomie dans la conservation. Notons qu’ils font également partie de l’équipe éditoriale de MalaCo, le journal électronique de la malacologie continentale française.

Une véritable chasse aux trésors

L’identification et la description d’une espèce, a fortiori un petit mollusque, relèvent parfois du défi et requièrent une bonne dose de passion et de persévérance. Et si les chercheurs en ont presque terminé avec la découverte de mammifères, c’est loin d’être le cas pour les insectes et les mollusques terrestres.

Olivier et Benoît revendiquent leur passion pour cette biodiversité méconnue et injustement délaissée. « On se donne à fond pour notre groupe, les mollusques, malgré cette préférence manifeste pour les animaux à poils ou à plumes ».

L’enjeu actuel étant par ailleurs de préserver notre biodiversité, il est important d’en établir un inventaire précis. Mais avant de penser "conservation", il faut commencer par décrire l’espèce, et c’est le travail des taxonomistes. Apparue au 18ème siècle, la taxonomie, cette discipline scientifique ayant pour objet de décrire, de nommer et de classer les organismes vivants, n’est donc pas nouvelle, simplement méconnue. Elle est néanmoins indispensable à la connaissance du vivant. De plus, il est nécessaire de savoir nommer et classer l’ensemble des espèces de la planète si l’on souhaite les protéger. Les taxonomistes ont donc un rôle de premier plan.

« Quand on trouve une espèce, il faut comprendre ce qui se cache derrière ». Et on est loin d’imaginer tout le travail (parfois plusieurs années) que cette description scientifique représente. En effet, la découverte d’une espèce n’est qu’une première étape. S’ensuit un long travail de recherche pour déterminer s’il s’agit effectivement d’une nouvelle espèce pour enfin la décrire et lui attribuer un nom scientifique.

« C’est une activité difficile qui représente un travail dément » reconnaît Olivier, « et il est vrai qu’avec 3 chercheurs de plus, on avancerait à grands pas ». Il faut entre autres vérifier si l’espèce en question a déjà été nommée, partout dans le monde, et ce en remontant jusquà Linné*, soit au 18ème siècle. « Pour mettre un nom sur l’animal en question, il faut aller puiser dans le savoir humain, d’où l’intérêt de travailler au Muséum qui possède une remarquable bibiothèque et des collections immenses. »

Enfin, compte tenu du nombre d’espèces découvertes chaque année (entre 600 et 700 en Europe), il va de soi que chacun s’en tient à son domaine de recherche : « Nous ne pouvons pas être spécialistes de toutes les espèces que nous ramassons, nous travaillons donc avec un réseau de gens spécialisés dans tel ou tel domaine, scientifiques ou non ». Les résultats sont publiés une fois que les chercheurs sont certains de leurs données. La description (sous forme de publication) servira aux chercheurs suivants.

Des codes bien définis pour désigner une espèce

Les noms scientifiques donnés aux animaux ne sont donc en rien le fruit du hasard. Ils sont d’ailleurs régis par le Code international de nomenclature zoologique. Pour désigner une espèce, on utilise la fameuse nomenclature binominale [2], ce double nom latin écrit en italique, suivi du nom de l’auteur de la description, et accompagné de l’année de publication de ladite description (comme présenté sur la photo ci-dessus). Même si nous préférons parler d’un rorqual bleu que d’un Balaenoptera musculus, c’est bien ce nom qui a valeur scientifique, et c’est au travail du taxonomiste que vous le devons : « Donner un nom scientifique prend du temps car il s’agit pour nous de fixer les choses définitivement ». Si la rigueur scientifique les contraint à une désignation formelle, le nom commun est laissé au choix des chercheurs (une référence à la région ou au pays d’origine de l’espèce, à son aspect, voire à une personne). Retenons toutefois que l’humour peut se glisser dans le nom scientifique, Linné lui-même ayant baptisé notre rorqual bleu Balaenoptera musculus, musculus signifiant...souris !

Olivier et Benoît à Rapa (Polynésie française)Un travail de fourmi sur le terrain

La recherche de terrain fait partie intégrante du travail de nos taxonomistes. A raison de 2 ou 3 missions par an, en France ou à l’étranger, ils partent à la conquête de nouvelles espèces, établir un inventaire, ou étudier l’endémisme de spécimens. Leur terrain de prédilection ? Des biotopes [3] connus pour la richesse de leur biodiversité, parfois une région où on leur a signalé la présence d’une espèce endémique [4] (ex. la bythinelle de Padirac, Bythinella padiraci), connue parfois des populations autochtones pour certains animaux, et non des chercheurs. « On trouve généralement une faune composée de quelques espèces répandues ou abondantes et d’une grande quantité d’espèces rares » ajoute Benoît. De la Corse au Gabon en passant par l’archipel de Vanuatu où, dans le cadre du Projet SANTO, on pense pouvoir découvrir pas moins de 3000 espèces de mollusques, Olivier et Benoît se transforment alors en aventuriers des espèces oubliées, pour leur plus grand bonheur : « C’est le côté "fun" de la recherche. On a un peu le sentiment d’être des explorateurs ! C’est passionnant de trouver et de récolter une espèce nouvelle » confient-ils avec le sourire. Aussi petits et enfouis soient leurs trésors, certains endroits difficiles d’accès, comme les grottes, donnent aussi un côté aventurier à leurs missions. Elles nécessitent même parfois l’organisation d’expéditions biospéléologiques où l’union des compétences fait la force pour accéder aux endroits secrets où vivent certaines espèces.

Ces conditions d’accès mises à part, le procédé de récolte est assez simple selon le biotope : à l’œil nu pour les plus grands ou à la loupe binoculaire (mais en laboratoire) pour les plus petits. Le travail consiste à récolter de la litière (feuilles, etc.), de la passer sur des tamis (aux mailles parfois très petites) pour isoler des coquilles, de même taille par exemple, puis de les trier. Et là, d’autres énigmes attendent nos explorateurs : cette coquille à l’aspect inhabituel est-elle une nouvelle espèce, une espèce connue présentant un polymorphisme ( [5]) ou encore une espèces séparée ? Autant de questions auxquelles ils s’efforceront de répondre. « Pour vérifier par exemple qu’il s’agit d’une même espèce, le test ultime serait de tenter la reproduction, mais dans ce cas, il faudrait les élever. Or, on trouve beaucoup de coquilles vides et nous n’avons pas les moyens d’envisager un élevage » explique Olivier.

Dans le cadre de missions au Gabon [6] en 2000 et 2001, cette méthode de travail leur a permis de découvrir la présence de 74 espèces d’escargots, ceci après un échantillonnage de 134 sites ! [7]

La patrimonialité : une bonne raison de protéger une espèce

La notion d’endémisme se révèle parfois utile pour éviter qu’une espèce, aussi petite soit-elle, ne disparaisse. « Si l’on sait qu’une espèce endémique est présente dans un endroit en passe d’être détruit, on signale aux autorités compétentes qu’elle a une valeur patrimoniale ». Cette patrimonialité est d’ailleurs le point d’achoppement de notre travail. Et il y a un patrimoine propre à la France ». C’est le cas de l’escargot de Corse (Tyrrhenaria ceratina), une espèce endémique dont l’aire de répartition se limite au lieu dit Campo dell’Oro, au sud-est d’Ajaccio. L’animal comptant parmi les mollusques les plus menacés de France, et valeur patrimoniale oblige, le site a été protégé par la construction d’un muret qui empêche les allers et venues des véhicules tout terrain. Preuve qu’un mollusque, au même titre qu’un éléphant, est capable de susciter l’attention.

Olivier en mission à TahitiEn effectuant une recherche sur le site de l’INPN, vous aurez désormais une idée de tout le travail réalisé en amont pour obtenir une base de données d’une telle précision. Et si certains de nos jeunes lecteurs passionnés de zoologie cherchent encore leur voie, voilà de quoi les faire réfléchir sur l’intérêt de se consacrer à cette discipline. Enfin, preuve que la taxonomie a le vent en poupe et qu’elle est à la base de la connaissance du vivant, le réseau d’excellence européen EDIT (European Distributed Institute of Taxonomy) a été lancé en 2006 en vue de « créer une infrastructure visuelle sur le web pour permettre un accès aux informations et un travail de coopération, et mettre en place un cursus européen de taxonomistes ».

Photo en tête d’article : © © Olivier Gargominy

[1] L’inventaire national du Patrimoine naturel : Le Muséum comme centre de référence des données sur la nature, Journal MalaCo N°1, mai 2005. Olivier Gargominy est également l’auteur de l’ouvrage : Biodiversité et conservation dans les collectivités françaises d’outre-mer (Comité français pour l’UICN, 2003)

[2] Les espèces sont nommées selon le système binominal pérennisé par Linné à la fin du 18ème siècle. Un nom d’espèce est la combinaison de 2 mots latins (3 pour une sous-espèce) qui comprend le nom du genre suivi du nom de l’espèce.

[3] Milieu biologique accueillant une faune et une flore spécifiques

[4] Se dit d’une espèce confinée dans un endroit spécifique et de taille restreinte

[5] Propriété des espèces animales qui se présentent sous plusieurs formes différentes

[6] Dans la région du parc national de la Lopé

[7] Pour plus d’informations sur cette mission, rendez-vous à l’adresse suivante : http://www.ecofac.org/Canopee/N26/Sommaire.htm


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